FERRARI, CARLO
FERRARI, CARLO
Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione - DEI
RepeatsDB in 2025: expanding annotations of structured tandem repeats proteins on AlphaFoldDB
2024 Clementel, Damiano; Arrías, Paula Nazarena; Mozaffari, Soroush; Osmanli, Zarifa; Castro, Ximena Aixa; Ferrari, Carlo; Kajava, Andrey V; Tosatto, Silvio C E; Monzon, Alexander Miguel
RING 4.0: faster residue interaction networks with novel interaction types across over 35,000 different chemical structures
2024 Del , ; DEL CONTE, Alessio; Camagni, GIORGIA FRANCESCA; Clementel, Damiano; Minervini, Giovanni; Monzon, Alexander Miguel; Ferrari, Carlo; Piovesan, Damiano; Tosatto, Silvio
STRPsearch: fast detection of structured tandem repeat proteins
2024 Mozaffari, S.; Arrias, P. N.; Clementel, D.; Piovesan, D.; Ferrari, C.; Tosatto, S. C. E.; Monzon, A. M.
DisProt in 2024: improving function annotation of intrinsically disordered proteins
2023 Aspromonte, MARIA CRISTINA; Nugnes, MARIA VICTORIA; Quaglia, Federica; Bouhraoua, KAMEL EDDINE ADEL; Sagris, Vasileios; J Promponas, Vasilis; Chasapi, Anastasia; Fichó, Erzsébet; E Balatti, Galo; Parisi, Gustavo; González Buitrón, Martín; Erdos, Gabor; Pajkos, Matyas; Dosztányi, Zsuzsanna; Dobson, Laszlo; DEL CONTE, Alessio; Clementel, Damiano; Salladini, Edoardo; Leonardi, Emanuela; Kordevani, Fatemeh; Ghafouri, Hamidreza; G Tenorio Ku, Luiggi; Monzon, Alexander Miguel; Ferrari, Carlo; Kálmán, Zsófia; F Nilsson, Juliet; Santos, Jaime; Pintado-Grima, Carlos; Ventura, Salvador; Ács, Veronika; Pancsa, Rita; Goncalves Kulik, Mariane; A Andrade-Navarro, Miguel; José Barbosa Pereira, Pedro; Longhi, Sonia; Le Mercier, Philippe; Bergier, Julian; Tompa, Peter; Lazar, Tamas; Tosatto, Silvio; Piovesan, Damiano
Hierarchical representation for PPI sites prediction
2022 Quadrini, Michela; Daberdaku, Sebastian; Ferrari, Carlo
In silico prediction of blood cholesterol levels from genotype data
2020 Reggiani, F.; Carraro, M.; Belligoli, A.; Sanna, M.; dal Pra, C.; Favaretto, F.; Ferrari, C.; Vettor, R.; Tosatto, S. C. E.
Assessment of patient clinical descriptions and pathogenic variants from gene panel sequences in the CAGI-5 intellectual disability challenge
2019 Carraro, M.; Monzon, A. M.; Chiricosta, Luigi; Reggiani, Francesco; Aspromonte, M. C.; Bellini, M.; Pagel, K.; Jiang, Y.; Radivojac, P.; Kundu, K.; Pal, L. R.; Yin, Y.; Limongelli, I.; Andreoletti, G.; Moult, J.; Wilson, S. J.; Katsonis, P.; Lichtarge, O.; Chen, J.; Wang, Y.; Hu, Z.; Brenner, S. E.; Ferrari, C.; Murgia, A.; Tosatto, S. C. E.; Leonardi, E.
Performance of computational methods for the evaluation of pericentriolar material 1 missense variants in CAGI-5
2019 Monzon, A. M.; Carraro, M.; Chiricosta, L.; Reggiani, F.; Han, J.; Ozturk, K.; Wang, Y.; Miller, HEATHER MARGARET LOUISE; Bromberg, Y.; Capriotti, E.; Savojardo, C.; Babbi, G.; Martelli, P. L.; Casadio, R.; Katsonis, P.; Lichtarge, O.; Carter, H.; Kousi, M.; Katsanis, N.; Andreoletti, G.; Moult, J.; Brenner, S. E.; Ferrari, C.; Leonardi, E.; Tosatto, S. C. E.
Antibody interface prediction with 3D Zernike descriptors and SVM
2018 Daberdaku, Sebastian; Ferrari, Carlo
Exploring the potential of 3D Zernike descriptors and SVM for protein–protein interface prediction
2018 Daberdaku, Sebastian; Ferrari, Carlo
Crohn disease risk prediction-Best practices and pitfalls with exome data
2017 Giollo, Manuel; Jones, David T; Carraro, Marco; Leonardi, Emanuela; Ferrari, Carlo; Tosatto, Silvio
Design and implementation of a multi-modal biometric system for company access control
2017 Stefani, Elisabetta; Ferrari, Carlo
Matching phenotypes to whole genomes: Lessons learned from four iterations of the personal genome project community challenges
2017 Cai, Binghuang; Li, Biao; Kiga, Nikki; Thusberg, Janita; Bergquist, Timothy; Chen, Yun-Ching; Niknafs, Noushin; Carter, Hannah; Tokheim, Collin; Beleva-Guthrie, Violeta; Douville, Christopher; Bhattacharya, Rohit; Yeo, Hui Ting Grace; Fan, Jean; Sengupta, Sohini; Kim, Dewey; Cline, Melissa; Turner, Tychele; Diekhans, Mark; Zaucha, Jan; Pal, Lipika R.; Cao, Chen; Yu, Chen-Hsin; Yin, Yizhou; Carraro, Marco; Giollo, Manuel; Ferrari, Carlo; Leonardi, Emanuela; Tosatto, Silvio C. E.; Bobe, Jason; Ball, Madeleine; Hoskins, Roger A.; Repo, Susanna; Church, George; Brenner, Steven E.; Moult, John; Gough, Julian; Stanke, Mario; Karchin, Rachel; Mooney, Sean D.
Ombitasvir, paritaprevir, and ritonavir, with or without dasabuvir, plus ribavirin for patients with hepatitis C virus genotype 1 or 4 infection with cirrhosis (ABACUS): a prospective observational study
2017 Marzioni, Marco; Russo, Pierluigi; Aghemo, Alessio; Alberti, Alfredo; Ascione, Antonio; Antinori, Andrea; Bruno, Raffaele; Bruno, Savino; Chirianni, Antonio; Gaeta, Giovanni Battista; Giannini, Edoardo G; Merli, Manuela; Messina, Vincenzo; Montilla, Simona; Perno, Carlo Federico; Puoti, Massimo; Raimondo, Giovanni; Rendina, Maria; Silberstein, Francesca Ceccherini; Villa, Erica; Zignego, Anna Linda; Pani, Luca; Craxì, Antonio; Tabone, Marco; Andreoni, Massimo; Teti, Elisabetta; Angelico, Mario; Persico, Marcello; Masarone, Mario; Chiodera, Aledssandro; Solinas, Attilio; Delle Monache, Marco; Cecere, Roberto; Maria Schimizzi, Anna; Piovesan, Sara; Campagnolo, Davide; Chiara Piras, Maria; Zolfino, Teresa; Paolo Russo, Francesca; Morelli, Olivia; Sangiovanni, Vincenzo; Onofrio, Mirella; Iodice, Valentina; Izzi, Antonio; Pirisi, Massimo; Danieli, Elena; Vinci, Maria Cristina; Rizzardini, Giuliano; Fagiuoli, Stefano; Pasulo, Luisa; D'Arminio Monforte, Antonella; Zuin, Massimo; Giorgini, Alessia; Simeone, Filomena; Piali, Guido; Lo Guercio, Carmela; Federico, Alessandro; Brancaccio, Giuseppina; Marrone, Aldo; Abbati, Giuseppe; Boarini, Chiara; Borghi, Vanni; Bernabucci, Veronica; Corti, Giampaolo; Monti, Monica; Rizzetto, Mario; Martini, Silvia; Andreone, Pietro; Gianstefani, Alice; Lenzi, Marco; Verucchi, Gabriella; Toniutto, Pierluigi; Borgia, Guglielmo; Caporaso, Nicola; Morisco, Filomena; Nardone, Gaetano; Angrisani, Debora; Giacometti, Andrea; Benedetti, Antonio; Tarantino, Giuseppe; Marsetti, Fabio; Tavio, Marcello; Novara, Sergio; Antonia Santantonio, Teresa; Serviddio, Gaetano; Brunetto, Maurizia; Coco, Barbara; Angarano, Gioacchino; Milella, Michele; Barone, Michele; Di Leo, Alfredo; Ettore Sansonno, Domenico; Cacciola, Irene; Boffa, Nicola; Saracco, Giorgio; Di Biagio, Antonio; Picciotto, Antonino; De Luca, Andrea; Calvaruso, Vincenza; Corradori, Silvia; Ferrari, Carlo; Orlandini, Alessandra; Maida, Ivana; Torti, Carlo; Chessa, Luchino; Felder, Martina; Vespasiani Gentilucci, Umberto; Angeli, Paolo; Romano, Antonietta; Ludovico Rapaccini, Gian; Miele, Luca; Cima, Serena; Luisa Russo, Maria; Cozzolongo, Raffaele; Onnelli, Giovanna; D'Offizi, Giampiero; Lionetti, Raffaella; Montalbano, Marzia; Guerra, Michele; Di Perri, Giovanni; Boglione, Lucio; Capra, Franco; Carolo, Giada; Ieluzzi, Donatella; Antonini, Cinzia; Termite, Antonio; Madonia, Salvatore; Tarquini, Pierluigi; Parruti, Giustino; Vecchiet, Giacomo; Falasca, Katia; Menzaghi, Barbara; Quirino, Tiziana; Dentone, Chiara; Maria Piscaglia, Anna; Rossi, Cristina; Giordani, Maria; Fontanella, Luca; Cassola, Giovanni; Russello, Maurizio; Cristaudo, Antonio; Giacomet, Vania; Colombo, Massimo; Donato, Francesca; Durante, Emanuele; Cosco, Lucio; Marignani, Massimo; Quartini, Mariano; Memoli, Massimo; Ganga, Roberto; Ponti, Laura; Soria, Alessandro; Grazia Rumi, Maria; Gulminetti, Roberto; Maserati, Renato; Mondelli, Mario; Lazzarin, Adriano; Rita Parisi, Maria; Canovari, Benedetta; Avancini, Ivo; Pravadelli, Cecilia; Blanc, Pier; Pasquazzi, Caterina; Maria Mastroianni, Claudio; Lichtner, Myriam; Distefano, Marco; Magnani, Silvia; Paganin, Simona; Erne, Elke; Gatti, Pietro; Tundi, Paolo; Calabrese, Paolo Fabiano; Gasbarrini, Antonio; Grieco, Antonio; Coppola, Nicola; Del Poggio, Paolo; Levrero, Massimo; Talliani, Gloria; Vullo, Vincenzo; Cauda, Roberto; La Monica, Silvia; Potenza, Domenico; Rizzo, Salvatore; Castelli, Francesco; Marie Pigozzi, Grazielle; Ciancio, Alessia; Romagnoli, Dante; Barchetti, Federica; Ivanovic, Jelena; Longo, Olimpia; Petraglia, Sandra; Paola Trotta, Maria
Performance of in silico tools for the evaluation of p16INK4a (CDKN2A) variants in CAGI
2017 Carraro, Marco; Minervini, Giovanni; Giollo, Manuel; Bromberg, Yana; Capriotti, Emidio; Casadio, Rita; Dunbrack, Roland; Elefanti, Lisa; Fariselli, Piero; Ferrari, Carlo; Gough, Julian; Katsonis, Panagiotis; Leonardi, Emanuela; Lichtarge, Olivier; Menin, Chiara; Martelli, Pier Luigi; Niroula, Abhishek; Pal, Lipika R; Repo, Susanna; Scaini, Maria Chiara; Vihinen, Mauno; Wei, Qiong; Xu, Qifang; Yang, Yuedong; Yin, Yizhou; Zaucha, Jan; Zhao, Huiying; Zhou, Yaoqi; Brenner, Steven E; Moult, John; Tosatto, Silvio
Working toward precision medicine: Predicting phenotypes from exomes in the Critical Assessment of Genome Interpretation (CAGI) challenges
2017 Daneshjou, Roxana; Wang, Yanran; Bromberg, Yana; Bovo, Samuele; Martelli, Pier L; Babbi, Giulia; Lena, Pietro Di; Casadio, Rita; Edwards, Matthew; Gifford, David; Jones, David T; Sundaram, Laksshman; Bhat, Rajendra Rana; Li, Xiaolin; Pal, Lipika R.; Kundu, Kunal; Yin, Yizhou; Moult, John; Jiang, Yuxiang; Pejaver, Vikas; Pagel, Kymberleigh A.; Li, Biao; Mooney, Sean D.; Radivojac, Predrag; Shah, Sohela; Carraro, Marco; Gasparini, Alessandra; Leonardi, Emanuela; Giollo, Manuel; Ferrari, Carlo; Tosatto, Silvio C. E; Bachar, Eran; Azaria, Johnathan R.; Ofran, Yanay; Unger, Ron; Niroula, Abhishek; Vihinen, Mauno; Chang, Billy; Wang, Maggie H; Franke, Andre; Petersen, Britt-Sabina; Pirooznia, Mehdi; Zandi, Peter; Mccombie, Richard; Potash, James B.; Altman, Russ B.; Klein, Teri E.; Hoskins, Roger A.; Repo, Susanna; Brenner, Steven E.; Morgan, Alexander A.
An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy
2016 Jiang, Yuxiang; Oron, Tal Ronnen; Clark, Wyatt T.; Bankapur, Asma R.; D'Andrea, Daniel; Lepore, Rosalba; Funk, Christopher S.; Kahanda, Indika; Verspoor, Karin M.; Ben Hur, Asa; Koo, Da Chen Emily; Penfold Brown, Duncan; Shasha, Dennis; Youngs, Noah; Bonneau, Richard; Lin, Alexandra; Sahraeian, Sayed M. E.; Martelli, Pier Luigi; Profiti, Giuseppe; Casadio, Rita; Cao, Renzhi; Zhong, Zhaolong; Cheng, Jianlin; Altenhoff, Adrian; Skunca, Nives; Dessimoz, Christophe; Dogan, Tunca; Hakala, Kai; Kaewphan, Suwisa; Mehryary, Farrokh; Salakoski, Tapio; Ginter, Filip; Fang, Hai; Smithers, Ben; Oates, Matt; Gough, Julian; Törönen, Petri; Koskinen, Patrik; Holm, Liisa; Chen, Ching Tai; Hsu, Wen Lian; Bryson, Kevin; Cozzetto, Domenico; Minneci, Federico; Jones, David T.; Chapman, Samuel; Bkc, Dukka; Khan, Ishita K.; Kihara, Daisuke; Ofer, Dan; Rappoport, Nadav; Stern, Amos; Cibrian Uhalte, Elena; Denny, Paul; Foulger, Rebecca E.; Hieta, Reija; Legge, Duncan; Lovering, Ruth C.; Magrane, Michele; Melidoni, Anna N.; Mutowo Meullenet, Prudence; Pichler, Klemens; Shypitsyna, Aleksandra; Li, Biao; Zakeri, Pooya; Elshal, Sarah; Tranchevent, Léon Charles; Das, Sayoni; Dawson, Natalie L.; Lee, David; Lees, Jonathan G.; Sillitoe, Ian; Bhat, Prajwal; Nepusz, Tamás; Romero, Alfonso E.; Sasidharan, Rajkumar; Yang, Haixuan; Paccanaro, Alberto; Gillis, Jesse; Sedeño Cortés, Adriana E.; Pavlidis, Paul; Feng, Shou; Cejuela, Juan M.; Goldberg, Tatyana; Hamp, Tobias; Richter, Lothar; Salamov, Asaf; Gabaldon, Toni; Marcet Houben, Marina; Supek, Fran; Gong, Qingtian; Ning, Wei; Zhou, Yuanpeng; Tian, Weidong; Falda, Marco; Fontana, Paolo; Lavezzo, Enrico; Toppo, Stefano; Ferrari, Carlo; Giollo, Manuel; Piovesan, Damiano; Tosatto, Silvio; del Pozo, Angela; Fernández, José M.; Maietta, Paolo; Valencia, Alfonso; Tress, Michael L.; Benso, Alfredo; Di Carlo, Stefano; Politano, Gianfranco; Savino, Alessandro; Rehman, Hafeez Ur; Re, Matteo; Mesiti, Marco; Valentini, Giorgio; Bargsten, Joachim W.; van Dijk, Aalt D. J.; Gemovic, Branislava; Glisic, Sanja; Perovic, Vladmir; Veljkovic, Veljko; Veljkovic, Nevena; Almeida e. Silva, Danillo C.; Vencio, Ricardo Z. N.; Sharan, Malvika; Vogel, Jörg; Kansakar, Lakesh; Zhang, Shanshan; Vucetic, Slobodan; Wang, Zheng; Sternberg, Michael J. E.; Wass, Mark N.; Huntley, Rachael P.; Martin, Maria J.; O'Donovan, Claire; Robinson, Peter N.; Moreau, Yves; Tramontano, Anna; Babbitt, Patricia C.; Brenner, Steven E.; Linial, Michal; Orengo, Christine A.; Rost, Burkhard; Greene, Casey S.; Mooney, Sean D.; Friedberg, Iddo; Radivojac, Predrag
Computing voxelised representations of macromolecular surfaces: A parallel approach
2016 Daberdaku, Sebastian; Ferrari, Carlo
BOOGIE: Predicting Blood Groups from High Throughput Sequencing Data
2015 Giollo, Manuel; Minervini, Giovanni; Scalzotto, Marta; Leonardi, Emanuela; Ferrari, Carlo; Tosatto, Silvio
Comprehensive large-scale assessment of intrinsic protein disorder
2015 Walsh, IAN THOMAS; Giollo, Manuel; DI DOMENICO, Tomas; Ferrari, Carlo; O., Zimmermann; Tosatto, Silvio