Mining Biological Networks

This thesis addresses relevant issues related to the analysis of biological networks. Path redundancy was exploited to denoise currently available data, dominated by high levels of wrong or missing information, and applied to the local alignment of protein-protein interaction networks. On another research direction, regulatory networks were employed to explain master regulators’ ability of modulating cells’ behaviour. In this direction, an existing approach was adapted for the analysis of miRNAs’ role in Glioblastoma Multiforme cancer cells. The methodological aspects of this work represent an improvement of the foundamental elements of network analysis techniques.

In questa tesi sono stati affrontati alcuni aspetti problematici legati all’analisi di reti biologiche. Concentrandosi sull’allineamento di reti di interazione proteica, è stato studiato l’uso di metodi basati sul ”path redundancy“ per filtrare il rumore attualmente presente nei dati. In una seconda direzione di ricerca le reti di regolazione sono state sfruttate per spiegare la capacità dei ”master regulators“ di modulare il comportamento delle cellule, adattando di una pipeline d’analisi allo studio degli effetti dei miRNA nel Glioblastoma Multiforme. I progressi metodologici introdotti in questo lavoro contengono potenziali miglioramenti ad alcuni elementi comuni ad altre tecniche di analisi di reti.