Illumina Next Generation Sequencing applicato alla determinazione di genomi mitocondriali di crostacei di interesse alimentare

L’attuale commercio di prodotti ittici fa si che sullo stesso mercato si trovino specie provenienti da diverse parti del mondo. L’identificazione di tali taxa risulta impossibile, applicando caratteri morfo-anatomici, quando gli esemplari sono stati variamente processati e lavorati lungo la filiera alimentare. Si deve quindi procedere ad una riconoscimento molecolare dei differenti campioni in modo che essi siano assegnabili con certezza ad una determinata specie, anche dopo che hanno subito processi di trasformazione. Il semplice DNA barcode si è rivelato spesso inadatto per questo scopo ed è pertanto necessario sviluppare un set di marcatori molecolari che permettano di affrontare in modo efficace il problema. Il genoma mitocondriale (mtDNA) è una molecola compatta che si è ampiamente dimostrata idonea per l’identificazione molecolare di specie. Applicando un approccio di Next Generation Sequencing (Illumina) abbiamo sequenziato in maniera completa/parziale 34 genomi mitocondriali di crostacei, incluse numerose specie di interesse alimentare presenti nei mercati ittici italiani. L’esteso data set ha consentito di raggiungere vari obiettivi e cioè: (a) identificare nuovi gene order per gli mtDNA; (b) effettuare uno studio di genomica comparativa ed evoluzionistica sugli mtDNA dei Decapoda; (c) sviluppare modelli di struttura secondaria per i geni rrnS e rrnL nei Decapoda; (4) identificare le porzioni di mtDNA più variabili e quindi più adatte allo sviluppo marker per il riconoscimento delle più importanti specie di crostacei di interesse alimentare presenti sui mercati ittici italiani.